短程蒸餾(又叫分子蒸餾)是一種熱分離工藝，于分離熱敏性產物。短程蒸餾的特點是產物停留時間短、工藝蒸發溫度低，力求讓蒸餾產物受到盡量小的熱應力。可見，短程蒸餾是一種非常溫和的蒸餾過程。
短程蒸餾配套真空系統，通過降低操作壓力，達到顯著降低產物沸點的目的。這是一種連續分離過程，其產物停留時間低至數十秒(而其他常規分離方法的停留時間達到數小時!)。
所以，在常規蒸餾工藝中(無論是連續的循環、膜式蒸餾，還是非連續的批次蒸餾)，由于高溫、長停留時間而分解的產品，用短程蒸餾就能夠順利分離。例如，高分子有機化合物用常規蒸餾方法來分離時，較高工藝溫度(如超過200℃)會導致其熱敏性的分子鏈裂解。因此高分子有機化合物的分離幾乎都會使用短程蒸餾。
短程蒸餾的工藝壓力和溫度范圍通常在1到1x10-3mbar、150到280℃。
短程蒸餾特別適合以下熱敏性產物的蒸餾、蒸發、濃縮和汽提：
制藥業：
原料藥、天然及合成維生素、穩定劑
精細化學品：
脫除硅油、樹脂、聚合物中的單體，脫除預聚物中的異氰酸酯，脫除各種樹脂中的溶劑和低聚物
香精香料：
從二酯和三酯中蒸餾單甘油酯，提純歐米伽-3脂肪酸
石油化工：
蒸發分餾石油中的油組分和蠟組分，再分餾蠟組分得到硬蠟和超硬蠟，潤滑油的生產
塑料行業：
聚氨酯預聚物，環氧樹脂，丙烯酸酯，多元醇，塑化劑
